私募基金的組織形式主要包括公司型、有限合伙型、契約型等。目前，關于私募基金的稅收政策相對滯后，主要存在的問題如下:1、關于GP自然人的稅收繳納問題，各地的稅收處理是存在分歧的，例如上海、深圳是參照個體工商戶按5%-35%的五級超額累計稅率進行征收，而北京、武漢則是按“利息、股息、紅利”所得，20%的稅率進行征收，北京、武漢等地區(qū)對于自然人不做GP和 LP的區(qū)分。2、對企業(yè)通過基金投資所獲得的投資收益，能否適用居民企業(yè)之間投資收益的免稅政策。(《企業(yè)所得稅法》第二十六條規(guī)定:符合條件的居民企業(yè)之間的股息紅利等權益性投資收益為免稅收入)，在實務中仍存在爭議，爭議點主要有兩個方面：一方面是，中間隔了一個有限合伙企業(yè)，不能視為直接投資;另一方面主要是對投資收益的界定，對于投資收益，主要明確是否屬于扣除投資本金和其他費用后的收益，而非本金的回收等。從稅收政策而言，無論適用哪種稅收規(guī)定，基金管理人及其合伙人都會面臨比較高的稅負。作為基金管理人，需要通盤考慮管理人本身以及基金要承擔的稅負，為項目退出后的分紅選擇最優(yōu)的稅收結構，從而降低稅負。
管理人主要的業(yè)務收入包括投資分紅、管理費等，管理費一般按照募集金額的2%來收取，還有一部分是超額分成收入，通常按照超額的20%進行提取。此外，可能還有一些咨詢類收入。按《基金合同》約定，就來源于私募股權投資基金的管理費收入應繳納企業(yè)所得稅。根據(jù)《基金法》規(guī)定，基金管理人由依法設立的公司或者合伙企業(yè)擔任。擔任非公開募集基金的基金管理人，應當按照規(guī)定向基金行業(yè)協(xié)會履行登記手續(xù)，報送基本情況。私募基金管理人可能是公司也可能是合伙企業(yè)。其經(jīng)營行為主要分為以下兩大類:日常管理、對外投資。對外投資又可以按投資性質分為:募集資金放貸和用募集資金做其他投資。根據(jù)財稅[2016]36號文，所謂直接收費金融服務，是指為金融業(yè)務提供相關服務、并且收取費用的業(yè)務活動。其中包括提供資產管理、信托管理、基金管理等服務。直接收費金融服務，以提供直接收費金融服務收取的手續(xù)費、傭金、酬金、管理費、服務費、經(jīng)手費、開戶費、過戶費、結算費、轉托管費等各類費用為銷售額。對于私募基金管理人而言，其收取的管理費即為銷售額。根據(jù)財稅[2016]36號文，增值稅納稅及扣繳義務發(fā)生時間為:直接收費金融服務為實際收到費用的當天;或書面合同確定的付款日。如果開具發(fā)票的日期比前兩者早，則以開票日作為扣繳義務的發(fā)生時間。對收益分成，按照增值部分的20%提取作為直接收費服務(提供勞務所取得的服務取得收入)的增值稅處理還是投資收益處理也存在爭議。若為投資收益，則無需繳納增值稅，只繳納所得稅。若為直接收費服務性質的收益，既要涉及繳納增值稅又涉及所得稅。
二、管理人是合伙人和管理人是公司涉及稅種的區(qū)別合伙制:合伙企業(yè)，按財稅[2008]159號“先分后稅”的原則，把合伙企業(yè)所得每年進行匯算清繳，把利潤實際分配，或者沒有實際分配的部分劃到各合伙人，由合伙人直接交稅。因國家稅務總局未明確規(guī)定，而全國各個地方的規(guī)定也不統(tǒng)一，目前基本上有兩種繳稅方式，一是按照20%，股息紅利或者投資收益交個人所得稅；二是按照生產經(jīng)營所得，即按照個體工商戶生產經(jīng)營所得適用5%-35%超額累進稅率來繳納個人所得稅。公司制:管理人主要的業(yè)務收入可能包括投資分紅管理費，管理費按照一般慣例按照募集金額的2%來收取，還有一部分是超額分成收入，通常按照超額的20%進行提取。此外，可能還有一些咨詢收入。公司制的管理人是公司，則按25%繳納企業(yè)所得稅。
